どのブックのどのシートを処理するか決めてFor文でループすればこれだけで完了しませんか?
設定したいリンクは「\\」から始まる絶対パスURLで定義してください。
間違っても「../」で始めないでください。
Option Explicit
Function setHyperlink(ws As Worksheet, set_range As Range, set_address As String, view_name As String)
Call ws.Hyperlinks.Add(Anchor:=set_range, Address:=set_address, TextToDisplay:=view_name)
End Function
Sub main()
Dim wb As Workbook
Dim ws As Worksheet
' ここから [どのブックのどのワークシートか、の再定義から含めてループ処理] すれば絶対パスで保存できるはず
' ブックを指定
Set wb = ThisWorkbook
' シートを指定
Set ws = wb.Worksheets("Sheet1")
' ハイパーリンクの上書き関数をもとに上書き
Call setHyperlink(ws, ws.Range("A1"), "\\会社鯖パス\絶対パス\ファイル名", "表示したいファイル名")
' 保存
wb.Save
' ここまで来たら次のブックのループ
End Sub