手動で表示位置を決定できないようです。
ウチの環境ではVBEウィンドウが表示される画面位置とサイズで
自動で表示位置を算出しているような挙動をします。
通常ウィンドウであれば、デスクトップ空間の上下左右で空きの大きい場所。
隙間が無ければ(0px以下)ダイアログの半分サイズが収まるところを優先しているような感じです。
VBEウィンドウの左上を塞ぐ(0px以下)と下優先の下も余白が少ないと右に表示されます。
全画面にすると中央若干上寄りに表示されます。
また、マルチディスプレイ環境のセカンダリ以降配置だと法則が崩れそうです。
通常ウィンドウだと上位ディスプレイの座標空間に引っ張られると思われます。
もしかしたら質問者さんの環境がそうなのかな？と想像したりしてみます。
ということで、現状を打破するには環境に合わせて本体とVBEの配置の工夫が必要になりそうです。
（本体をセカンダリ以降、VBEをプライマリみたいな感じ）
