手っ取り早いのは
=SUBSTITUTE(SUBSTITUTE(A1,";;",";"),";;",";")
の様に、
SUBSTITUTE関数を ; が並ぶ 最大回数分 /2回分、ネストすれば良いかと。
aaa;bbbb;;ccccc;;;ddd;;;;eeee;;;;;
なら、
e の後ろに、; が 5回並びます。
その場合は、 5/2 = 2.5 → 小数点以下繰り上げ 3回
SUBSTITUTE を 3回ネストします。
=SUBSTITUTE(SUBSTITUTE(SUBSTITUTE(A1,";;",";"),";;",";"),";;",";")