いっそのことマクロブロックだけファイルから除外してしまうのはどうでしょうか。
xlsm(マクロ付)が機能しなくてxlsxが機能するならば、相手先と自分にそれぞれ操作ツールを所持させ、
入出力結果のファイルをxlsx形式で転送すればネットワーク上の参照を行ってもMOTWの影響を受け無くなりませんでしょうか?
自分:マクロA.xlsmからインポートファイルを参照
処理結果をエクスポートファイルに書き出す
書き出しファイルの設置先をローカルディレクトリ or ネットワークディレクトリに設定
相手:マクロB.xlsmからAのエクスポートファイルを参照
処理結果をエクスポートファイルに書き出す
書き出しファイルの設置先をローカルディレクトリ or ネットワークディレクトリに設定
これをループさせる方式で行えばマクロファイルの実行ブロックの影響を受けずに作業ができませんでしょうか。