> 追加クエリの場合、マスターのテーブルに「部署ごと」のテーブルを追加することになり、テーブルのデータ量が(マスターと部署ごとの)二重になりますよね?
部署ごとのCSVファイルをリンクテーブルとしてそれぞれ作成します。そのリンクテーブルから追加クエリを作成します。その追加クエリに部署フィールドを追加して、部署名を設定します。
「二重になります」というのがどういう意味か分かりかねますが、
マスターに部署ごとのCSVファイルのデータを追加するのがご希望ですよね。
インポートでも、インポート先にすでにあるテーブルを指定したら追加になります。
> 更新クエリでやるのが良く理解できません。
まず、CSVファイルをインポートします。部署名は未入力(Null)になってますので、部署名が未入力のレコードを抽出するクエリを作成して、それを更新クエリにすればいいでしょう。部署名の抽出条件に Is Null と設定すれば未入力のレコードが抽出されます。