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約1万行，15列程度のデータを配列に取り込んで，
一定部分を選択して，散布図を書かせようとすると上手くいきません．
例えば50-3000行で途中の800-1000行を抜くとか選択条件を変化させるので，
できれば，配列のままでやる方がいいかと思っています．
 
上手くいかない原因が何なのかよくわからなかったので，
データ数を変えてみたところ，上手くいく場合もあることがわかりました．
試しに，以下のようなサインカーブを描かせるコードで，データ数を確認したところ，
私の環境ではExcel2003だとデータ数が14で，
「SeriesクラスのXvaluesプロパティを設定できません。」とエラーになります．
Excel2019ではエラーは出ませんが，データ数が250を超えた辺りから，
グラフが途中で切れてSinの値がゼロになるまでは表示されません．
 
配列からグラフ表示させるデータ数に限界があるようで，
Web検索はしてみましたが，答えにはたどり着けませんでした．
既知の問題なのか，私のコードの書き方が悪いのか，よくわからないでいます．
ご助言の程宜しくお願いします．
 

Sub Test()
Dim sh As Worksheet
Dim myChart As Chart
Dim i As Long, cnt As Long
Dim arx As Variant, ary As Variant
Const pai = 3.141592

Set sh = ThisWorkbook.ActiveSheet

cnt = 300 'データ数

ReDim arx(1 To cnt)
ReDim ary(1 To cnt)

For i = 1 To cnt
    arx(i) = i / cnt
    ary(i) = Sin(2 * pai * i / cnt)
Next

With Charts.Add
    .Location Where:=xlLocationAsObject, Name:=sh.Name
End With

With sh.ChartObjects(1)
    Set myChart = .Chart
    .Width = 300
    .Height = 300
    .Left = 140
    .Top = 170
End With
'散布図
myChart.ChartType = xlXYScatterSmooth
  
With myChart
    .SeriesCollection.NewSeries
    .SeriesCollection(1).XValues = arx
    .SeriesCollection(1).Values = ary
    .HasTitle = False
    .Axes(xlCategory, xlPrimary).HasTitle = False
    .Axes(xlValue, xlPrimary).HasTitle = False
End With

End Sub

当方2019ですが、cnt=10000 として実行すると正常に表示されます。
質問者さんのような事象は観察できませんでした。取り急ぎ。

simpleさん
 
早速のご検証ありがとうございます．
問題ないと言うことであれば，
もしかすると，ファイルが壊れているかもしれませんね．
明日にでも再度検証してみます．

Excel の仕様と制限
https://support.microsoft.com/ja-jp/office/excel-%E3%81%AE%E4%BB%95%E6%A7%98%E3%81%A8%E5%88%B6%E9%99%90-1672b34d-7043-467e-8e27-269d656771c3
 
2007 で、
 

引用:
グラフの仕様と制限
1 つのグラフのデータ系列の数　；　255
1 つのグラフのすべてのデータ系列に含めることのできるデータ要素の数　：　256,000

引用:
Microsoft Office Excel 2007 または Microsoft Excel 2010 で作成したグラフを含むワークシートを Microsoft Office Excel 2003 以前のバージョンの Excel で開いた場合、またはその逆で Excel 2003 で作成したグラフを Excel 2007 または Excel 2010 で開く場合、作成したグラフとは異なります。

新規ファイルで検証してみました．
昔のバージョン *.xlsでは上記同様のエラーとなり，
今のバージョン *.xlsmではエラーは起こりませんでした．
 
.xlsでも，シートから直接グラフを作成すれば，
数千行程度では，データ数制限とかは無かったように記憶していますが，
配列にしてしまうとたった13個までになるんですね．
古いver.2003とかが好きで，未だにVBAは2003で作業していることが多いですが，
こんな所に制限があるとは思わず，頓挫していたので助かりました．
 
もしその他ご助言があれば宜しくお願いします．
本質問は，もう少し空けておいてから閉じたいと思います．
 
と，ここまで書いたところで，Suzuさんからのコメント拝読しました．
ありがとうございます．
通常，パワーポイントをいじっていることが多く，
確かに，2007以降で線図などを描くと，
2003では編集できなくなったりします．
古いのを使うのは中々難しいですね．

Suzuさん
先ほど，数千行は問題ないと書いてしまいましたが，
データ系列も255だったんですね．
それが，250を超えた辺りからの問題となるわけですね．
了解しました．

norinorih さんの引用:
先ほど，数千行は問題ないと書いてしまいましたが，
データ系列も255だったんですね．
それが，250を超えた辺りからの問題となるわけですね．

引用:
例えば50-3000行で途中の800-1000行を抜くとか選択条件を変化させる

「系列」数について誤解がないですか？
少なくとも提示されたコードのグラフの系列数は１ですよ。
 
質問者さんのおっしゃる
＞それが，250を超えた辺りからの問題となるわけですね．
というのが何を指して言っているのか、よくわかりませんでした。

Suzuさん
ご指摘ありがとうございます．
先ほど書き込んだ件，
系列数とデータ数を勘違いしてました．
データ数は，2003でも数千行は大丈夫ですね．
やっぱり，xlsで配列→グラフの問題なんですかね．
 
2003と2019は同じマシンで使ってます．
メモリーは，32GBなので不足する心配は無いようです．
ご指摘のように共存環境は問題があるかもしれません．
身近にあるマシンはどれも2003と2013，2019等を共存させているので，
環境検証までは至っておりません．
 
ピボットグラフは，ほとんど使用したことがないので，
少し検索してみましたが，
今回のデータは，実験計測値で余り意味の無い数値の羅列ですので，
ちょっと適してないかと思いました．
外してたらすみません．
 
と，ここまで書いたところで，simpleさんのご指摘がありました．
ご指摘の通り間違っていました．
ありがとうございます．

引用:
系列数とデータ数を勘違いしてました．
データ数は，2003でも数千行は大丈夫ですね．
やっぱり，xlsで配列→グラフの問題なんですかね．

引用:
2003と2019は同じマシンで使ってます．
メモリーは，32GBなので不足する心配は無いようです．

引用:
新規ファイルで検証してみました．
昔のバージョン *.xlsでは上記同様のエラーとなり，
今のバージョン *.xlsmではエラーは起こりませんでした．

引用:
.xlsでも，シートから直接グラフを作成すれば，
数千行程度では，データ数制限とかは無かったように記憶していますが，

Suzuさん
コメントありがとうございます．
他の仕事があって，ご返事遅くなり申し訳ありません．
 
一応，xlsmを2003で開いてみましたが，
制限は変わってませんでした．
やっぱり，2003特有の問題ですね．
 
2007から変わった数式の長さの話ですが，
今回のデータから察するに，10倍以上違うので，
何か釈然としないものが残ります．
多分，昔からあった問題でしょうから，
何か情報がありそうだなと思い，今回の質問となりました．
 
2003でまだやっているのは，
特に，ネットとかにつながずに，
今回の分析のようなデータ解析のみに特化しているマシンとかを利用しているので，
相変わらず開発環境として使用している次第です．
 
とりあえず，xlsmでできるので，その方向でやります．
Suzuさん，simpleさんお付き合いいただきありがとうございました．
閉じます．