rs2.Fields("ユニークコード") = code & [連番]
の部分を
rs2.Fields("ユニークコード") = code & rs.Fields("連番")
とすればいいでしょう。
ただ、連番とユニークコードを別々に入力するのは無駄なので、同時に入力したほうがいいでしょう。
Dim rs As Recordset
Set rs = CurrentDb.OpenRecordset("SELECT * FROM [クエリ1連番作成用] WHERE [チェック]=True", dbOpenDynaset)
Dim code As String
code =Format(Now(), "yymmddhhmmss")
Dim n As Integer
Do Until rs.EOF
rs.Edit
n = n + 1
rs.Fields("連番") = n
rs2.Fields("ユニークコード") = code & Format(n."00")
rs.Update
rs.MoveNext
Loop
rs.Close