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数千のデータをExcelで管理している場合、「モジュールがありません。」というエラーでファイルが開けない事があります。
メモリを128M積んだマシンでは起きないのですが、64Mのマシンで2MほどのExcelファイルを修正・セーブすると、起きる場合があります。

OSでその原因は変わってきますが、Windows95ならば、64MBもあればまず安定しています。Windows98ならば、64MBではメモリに余裕がなく、128MB以上欲しいところです。
メモリ搭載量が少なければ、確実にスワップファイルが発生します。HDの残り容量が少なければ、Excelが極めて不安定になります。

メモリの増設以外にも、他のソフトを同時に起動させない、常駐させないことも大切です。
また、異なるソフトをいろいろ起動・終了させた後、および印刷した後では、メモリやリソースが十分解放されていないので、問題が生じやすいです。

VBAモジュールを搭載したデータの巨大なExcelブックの保存が、やたらと重たいというのは、Excelのバグ的仕様であると思われますが、モジュールとデータは別々に管理することをおすすめします。
他のブックにコードを移し、ActiveWorkbookを参照するよう修正しましょう。データが大きい場合は、これが一番確実ではないでしょうか。バックアップもしておきましょう。