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サンプルマクロでは、シート1がアクティブのまま、シート2のオートフィルターを操作しています。

Sub Sample()
    Worksheets("Sheet2").Range("A1").AutoFilter Field:=1, Criteria1:="1000"
End Sub

マクロを実行すると、シート2のA列にオートフィルターが設定されて、"1000"の行が抽出され表示されます。