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この現象は下記の条件をすべて満たしたときに発生します。

コピー元範囲に結合セルが含まれている。
コピー先となる範囲に、コピー元の結合セルが含まれている。

A1セルにaと入力します。
A1:B1を選択し、[書式]-[セル]コマンドを選択します。
配置タブで、"セルを結合する"チェックボックスをオンにします。
A1セルを選択し、[編集]-[コピー]コマンドを選択します。
A1セルを選択したままで[編集]-[貼り付け]コマンドを選択します。
セル結合が解除されます。

セル結合以外の書式は保持されます。